Стандартизация эндодонтических инструментов обеспечивает совместимость по размерам различных по своему действию инструментов. Соответствие стандартов инструментов для обработки корневых каналов стандартам штифтов и бумажных турунд (пинов) позволяет говорить о единой системе эндодонтического оборудования.

В ряде стран существуют национальные стандарты. Однако большинство из них согласовано со стандартами ISO 3630, который утвержден Техническим комитетом 106 Международной Организации по Стандартам (ISO/TC 106).
Стандарт ISO предусматривает основные параметры инструментов для обработки корневых каналов: форму, профиль, длину, диаметр, максимальные производственные допуски, требования к механической прочности, кодирование инструмента, систему нумерации.

Цветовое кодирование облегчает выбор необходимого размера инструмента, а также обеспечивает подбор бумажного и гуттаперчевого штифта.

В соответствии с принятыми стандартами ISO, предусмотрен 21 размер инструмента от 006 до 140, причем до размера 010 диаметр инструмента увеличивается на 0,02 мм, от 010 до 060 - на 0,05 мм, от 060 до 120 - на 0,10 мм, а от 120 до 140 - на 0,2 мм. Инструменты размером 006 кодированы малиновым цветом, 008 - серым, 010 - фиолетовым. В дальнейшем кодировка следующая: 015, 045, 090 - белый цвет ручки; 020, 050, 100 - желтый; 025, 055, 110  красный; 030, 060, 120 - синий; 035, 070, 130 - зеленый и 040, 080, 140 - черный. Как видно, шесть цветов повторяются трижды.

Цифровое кодирование и кодирование символами имеют большинство инструментов для прохождения и расширения корневого канала. На торце ручки и ее боковой поверхности изображены символ и цифра, указывающие на размер d1- диаметр вершины инструмента.

Профайлы и GT-вращающиеся файлы маркируются по цвету хвостовика и количеству цветных колец на нем.
Все внутриканальные инструменты оснащены силиконовым ограничителем, который позволяет фиксировать глубину проникновения инструмента в канал.

Необходимость работы со значительным количеством эндодонтического инструментария, различающегося по размеру (диаметру), форме рабочей части и длине, требует определенной системы хранения, которая позволит врачу организовать свое рабочее место.

Ряд фирм, особенно Maillafer, предложили боксы, в которых инструменты располагаются с учетом их диаметра и назначения.

В обязательном порядке необходимо иметь измерительное устройство для определения глубины прохождения канала. Это может быть обычная миллиметровая линейка или более сложное устройство, которое с точностью до миллиметра позволяет измерить длину инструмента.

В процессе использования инструмента требуется постоянный контроль. При выявлении признака раскручивания или скручивания инструмента, так же как и потемнения, его следует заменить, что позволит избежать одного из самых неприятных осложнений эндодонтического лечения - облома инструмента в канале.