Точная диагностика начального кариеса делает необходимой дифференциацию этой стадии поражения как от приостановившегося кариеса, так и от пятнистой формы флюорозной, системной идиопатической и местной (зуб Турнера) гипоплазии эмали.

Основным элементом поражения начального и приостановившегося кариеса является пятно. При начальном кариесе (активный процесс) пятно грязно-серое или меловидное, неправильной формы, с неровными контурами и тусклой поверхностью, обычно покрытое зубным налетом. Пятно, характерное для приостановившегося кариеса, пигментированное (желто-коричневое, черное), с блестящей поверхностью и правильными сферическими очертаниями. При начальном кариесе могут наблюдаться признаки гиперестезии, обычно в виде оскомины. Приостановившийся кариес не связан с неприятными ощущениями. При локализации приостановившегося кариеса на передних зубах может иметь место эстетическое неудовлетворение пациента.

Пятно (кариозное, меловидное и пигментированное) обнаруживается при трансиллюминации, однако при обработке красителями, например, метиленовым синим, пятно, характерное для острых форм кариеса, прокрашивается, а пигментированное не поддается окраске. Пигментированное пятно, как и интактная эмаль, характеризуется электропроводимостью, равной нулю. В очаге начального кариеса электропроводность повышается.

Очевидные различия имеют пятна при кариесе и эндемическом флюорозе. Это касается как мелового, так и пигментированного пятна. Кариозное пятно обычно единично, флюорозные - множественные. Кариозное пятно меловидное либо грязно-серое на эмали, имеющей «нездоровый» вид. При флюорозе пятна жемчужно-белые, блестящие, на фоне плотной эмали молочного цвета.

Кариозное пятно обычно располагается на апроксимальных поверхностях коронки зуба, в области фиссур и шеек зубов. Флюорозные пятна локализуются на так называемых иммунных зонах - на губных, язычных поверхностях, ближе к буфам и режущему краю. Симметричное расположение пятен при кариесе отмечается редко. Флюорозные же пятна располагаются только строго симметрично: локализованы на одноименных зубах правой и левой стороны и имеют одинаковую форму и окраску. Кариозные пятна, даже если они образовались на симметричных зубах, отличаются как формой, так и местом расположения на зубе.

Кариозное пятно (меловое или грязно-серое) обычно выявляется у людей, подверженных кариесу. Такие пятна сочетаются с другими стадиями кариеса зубов. Для флюороза типична выраженная устойчивость к кариесу. В отличие от кариеса флюорозные пятна часто обнаруживаются на зубах, устойчивых к кариесу, на резцах и клыках, в том числе и нижних. Как кариозные, так и флюорозные пятна выявляются с помощью трансиллюминации. Однако метиленовым синим прокрашиваются только кариозные пятна. Наконец, при дифференциации кариозного и флюорозного пятна имеет значение эндемическая настороженность. В регионах с повышенным содержанием фтора в питьевой воде флюороз зубов наблюдается у значительных контингентов.

Нетрудно отличить кариозные пятна от пятен при системной гипоплазии эмали. При гипоплазии эмали видны стекловидные пятна белого цвета, нередко на фоне истонченной эмали, пятна, расположенные в виде цепочки, иногда опоясывающие коронку зуба. Такие «цепочки» бывают одиночными, но могут располагаться по несколько на разных уровнях. Идентичные по форме пятнистые поражения локализуются на симметричных зубах и так же, как и флюорозные пятна, располагаются на иммунных зонах зубов.

В отличие от кариозных пятен гипопластические не прокрашиваются метиленовым синим и другими красителями. Поскольку при гипоплазии эмали зубы подвержены поражению кариесом, следует иметь в виду большую вероятность сочетания кариозных пятен с гипопластическими.

Местную гипоплазию (зуб Турнера), как известно, нередко проявляющуюся в виде пятна, от начального кариеса отличить нетрудно. Такое пятно обнаруживается вблизи режущего края либо на буграх зубов. Оно формируется еще до прорезывания зуба; его размеры и окраска не меняются. Пятно не прокрашивается метиленовым синим. Следует иметь в виду, что такое поражение может сформироваться только на постоянных зубах, имевших предшественников в виде временных зубов. Иными словами, местная гипоплазия больших коренных зубов не встречается.