Морфологическое исследование биопсийного материала (биоптаты десны) помогает поставить более точный диагноз, а в некоторых случаях (эозинофильная гранулема, ревматические болезни, коллагенозы, идиопатические формы поражения пародонта) оно является одним из основных критериев диагностики.

Бактериоцитологические методы изучения микрофлоры десневых карманов приемлемы для условий пародонтологических кабинетов или отделений, возможны также цитологическое исследование и определение миграции лейкоцитов по методу Ясиновского в процессе и после лечения. Миграция нейтрофильных лейкоцитов через слизистую оболочку рта свидетельствует об их участии в процессе фагоцитоза.

Материал для мазков-отпечатков при цитологическом исследовании берут с помощью резиновых полосок. Для общего обзора используется окраска по методу Гимзы-Романовского, для выявления распределения нуклеиновых кислот, гликогена необходимы специальные методики, например по Браше и Мак-Манусу. Препараты исследуют под микроскопом с иммерсионной системой. В качестве цитоморфологических и цитохимических оценок используют количественный и качественный состав клеточных элементов (нейтрофильные лейкоциты, эпителиальные клетки, лимфоциты, плазматические клетки), распределение гликогена и нуклеиновых кислот в клетках.